‘十二五’期間水過濾器水體污染控制與治理科技重大專項(簡稱“水污染治理專項”)將強化流域系統設計，水過濾器緊密結合重點流域規劃和治污工程，積極發揮地方政府作用，創新管理體制機制，培育戰略性環保產業，實現‘減負修復’階段目標。”

“水污染治理專項”在“十二五”期間的戰略目標是，到2015年，太湖、巢湖、滇池和三峽庫區等流域示范區，水過濾器以控制氮、磷營養鹽為重點，水質提高一個等級并消除劣Ⅴ類;遼河、海河、淮河、松花江等示范流域，以控制COD、氨氮為重點，水質消除劣Ⅴ類，生態功能局部恢復;水過濾器重點示范城市的飲用水水質全面達到《生活飲用水衛生標準》要求;建成國家流域水質目標管理技術體系并業務化運行;水過濾器推動我國環保產業發展，水過濾器讓水價趕上油價的現象不會發生形成環保產業產值300億元;凝煉形成我國湖泊、河流水過濾器污染控制和城鎮污水處理整裝成套技術，整體提升我國流域水環境綜合整治科技水平。

“十二五”時期水過濾器主要任務是重點突破流域“減負修復”關鍵技術，區域飲用水安全保障技術，流域水環境監控預警“業務化”運行技術;自主研發水污染治理成套工藝、技術與裝備，引導和培育戰略性環保新興產業，基本全自動反沖洗過濾器建立流域水污染治理技術體系和水環境管理技術體系，支撐示范流域水質明顯改善和飲用水安全保障。

為保障“水污染治理專項”順利實施，專項將落實行政責任，調動地方參與積極性，水過濾器發揮地方政府責任主體作用;統籌實現研究體系、工程建設一盤棋，全面建立對接機制，密切與規劃及工程銜接;水過濾器深入開展重點流域矩陣式管理，確保取得重大標志性成果和關鍵技術突破。

“十一五”期間，“水污染治理專項” 水過濾器圍繞“三河三湖一江一庫”等重點領域，設置了6個主題、33個項目、238個課題。截至目前，已啟動32個項目、230個課題。專項啟動實施以來，水過濾器在重污染行業減排、城鎮污水處理、農業面源污染控制、飲用水安全凈化、流域水質目標管理等關鍵領域取得了突破。